El CONAECQ asume su función de contribuir al aseguramiento de la calidad de los programas de educación superior relacionados con las ciencias químicas, orientando sus acciones bajo los siguientes principios:
- Prestar servicios a la sociedad sin fines de lucro.
- Respetar la naturaleza y régimen jurídico de las instituciones de educación superior en los procesos de acreditación de programas académicos.
- Regirse estrictamente por criterios académicos.
- Conducirse con imparcialidad y escrupuloso sentido ético.
- Ser objetivo en el análisis y verificación de sus objetos de acción.
- Proceder colegiadamente en la toma de decisiones y emisión de dictámenes.
- Hacer transparentes sus fines, metodología, procesos y productos, así como su administración y fuentes de financiamiento.
- Contribuir al aseguramiento de la confianza en la rectitud de sus procedimientos y resultados.
- Informar oportunamente a la sociedad sobre los programas acreditados.